這是五十年後的未來，世界被“神”吞噬殆盡而荒蕪的架空故事。 由於遭到突如其來的怪物“荒神”的破壞而失去平衡。在人類文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而無效化下，生化科技企業“芬裏爾”成功利用荒神細胞開發出了名為“神機”的生物兵器。並同時組織了特殊部隊“GOD EATER”。自此，人類終於獲得了與荒神對抗的力量。
於是，追求知性之極致的荒神，與追求物種延續的人類之間的戰爭便此展開。在破滅的盡頭，究竟是神會先成為人，還是人會先成為神呢？競爭開始了。GOD EATER的任務是把靠近地下居住區的荒神擊退，並且把荒神的核心和素材帶回。在這樣的背景下，玩家將會扮演一名神機使，開始了與死亡擦身而過的每一天。