戰國末期，荊軻刺秦失敗犧牲。天下第一劍客蓋聶受荊軻所托，護送荊軻之子荊天明躲避秦王追殺。在秦國邊境殘月谷，蓋聶一人擊退三百秦國鐵騎，秦王震怒，命丞相李斯務必鏟除兩人。李斯在陰陽家東皇太一的指引下尋訪到了蓋聶的同門兄弟衛莊，衛莊劍術超群卻始終居於蓋聶之下，為奪得天下第一劍的名號，衛莊答應了李斯的要求，殊不知自己已經掉入了東皇太一的圈套。原來天明在出生之時，身上便被陰陽家偷偷種下“乾元玉煞”，“乾元玉煞”關系到一個巨大陰謀。
逃亡路上，蓋聶與天明結識了墨家眾高手，以及楚國大將後人項少羽和墨家少女高月，一行人在命運的引領下進入被譽為世間最後一片凈土的墨家機關城。機關城隱匿於絕嶺雄峰之間，集結了墨家深厚的智慧，是天下所有反秦勢力最後的堡壘，它也是墨家弟子最後的避難所。
面對固若金湯的墨家機關城，趙高先用激將法又一次挑起衛莊的怨恨，繼而又用權力誘惑衛莊，讓他相信只要胡亥登基，衛莊就能擁有自己一直夢寐以求的權利與地位。為了攻破機關城，秦王派出龐大的精銳之師，衛莊找到了公輸家族的掌門公輸仇，公輸仇與墨家世代為仇，機關城嚴密的防守工事受到了前所未有的挑戰。
衛莊刺客團中的數名高手亦紛紛出動，一時間，機關城內殺機疊起、暗流湧動。