在櫻花爛漫的季節裏，無憂無慮的草帽海賊團盡情享受快樂時光。途中喬巴救上了一個魁梧健碩的家夥，最引人註目的是他的右腕裝配了用海樓石做成的機械手腕，凡是觸碰過手腕的人均能力盡失。原來此人便是曾經培養出無數優秀弟子的原海軍大將Z（大冢芳忠 配音）。蘇醒後的Z得知路飛（田中真弓 配音）等人的身份後反目成仇，與隨後趕來的下屬艾伊（筱原涼子 配音）和賓茲（香川照之 配音）對草帽海賊團予以殘酷無情的重創。原來Z因某件往事而對海賊極度憎恨，此時他正醞釀一項恐怖計劃，勢要帶領“NEO海軍”將新世界的海賊一舉殲滅。他的行動引起海軍本部的忌憚，而慘敗的路飛等人也將向這個前所未有的敵人展開新的挑戰……